De Watergroep heeft één aandeelhoudersbestuur voor de drinkwaterdiensten en één aandeelhoudersbestuur voor de rioolwaterdiensten (het Riopactcomité). Deze aandeelhoudersbesturen adviseren de raad van bestuur rond verschillende thema’s: investeringsprogramma, tarieven, budget, jaarrekeningen, statutenwijzigingen en strategische dossiers.

De leden van de aandeelhoudersbesturen worden aangeduid door de gemeentelijke en provinciale vennoten van de betrokken waterdienst, waarbij elke vennoot het recht heeft één vertegenwoordiger aan te duiden. Deze personen moeten respectievelijk gemeente- of provincieraadslid zijn. Voor dit mandaat mogen geen personen worden aangeduid die al lid zijn van de raad van bestuur van De Watergroep. Daarnaast heeft Aquafin als vennoot van de rioolwaterdienst Riopact het recht om één lid in het Riopactcomité aan te duiden.

De leden van de aandeelhoudersbesturen worden aangeduid voor een periode van 6 jaar en zijn herbenoembaar.